鼠类会危害林木，盗食树木种子，咬断树根，毁坏幼苗，从而影响人工造林及林木更新。危害严重的可造成大量毁林歉收。在20世纪60年代，山东泰山林场桃花峪分场因社鼠危害猖獗，使造林工作受到很大损失。1982年,仅黑龙江、辽宁、内蒙古、甘肃等省、自治区的不完全统计，林区发生鼠害面积达20万hm²，树木被害率为20%~40%，严重的达80%；树木枯死率在20%以上，严重的达50%。据李彤等（1991）报道，在吉林东部山区，落叶松人工林遭受棕背即及东方田鼠的危害，害鼠啃食苗木的顶芽及幼树树根和侧枝。在水林林场苗木顶芽遭啃食率高达43%。鼠类多危害树龄在10年以下的落叶松幼林。内蒙古阴山地区油松林树苗受害率为8%~9%，其中大部分已无成活可能。只有树龄超过10年的树苗，才能不被鼠害。因此，真正能够长大成材者甚少。宁夏一些地区播撒树将营造固沙林，由于跳鼠掘食，连播数年一苗未出。台湾的红腹丽松鼠对森林也造成了严重危害。

　　鼠类还会对水利设施造成重大损失，无论在国内还是国外，都有过因啮齿动物在堤坝上掘洞，从漏水到决堤，进而泛滥成灾的记载。此外，鼠类还捕食鱼苗，给养鱼、养禽业带来损失。