在白蚁的后肠盲囊内鞭毛虫的数目达1000~1000000个，鞭毛虫占后肠盲囊体积的90％，。栖北散白蚁的后肠长度为4~5mm，在每个白蚁的后肠内原生生物的总数超过1×105个。低等白蚁的兵蚁和成虫也拥有共生的原生生物，但原生生物的数量少于工蚁和年长幼蚁的原生生物数量。这与工蚁是白蚁群体内台湾乳白蚁肠道原生生物的丰富度约占其肠道共生生物群落总rBNA的70%，表明原生生物的生物学活性相当于或超过了原核生物的活性。低等白蚁体内都有不止一种共生的原生生物，即原生生物在寄主后肠内构成了一个群落。例如，台湾乳白蚁有3种共生的原生生物，狭颈动白蚁有7种共生的原生生物，栖北散白蚁至少有11种共生的原生生物。

　　在台湾乳白蚁的肠道内，原生生物区系的季节性变化与白蚁食木活动的变化有关， 这在野外种群和实验室种群中都进行过研宄。野外的白蚁种群在冬季和早春食木活动最弱，随后活动渐强直到夏季达最高峰。不过，只有拟全鞭毛虫的数目变化与之有相关性，其他两种鞭毛虫则不然，这说明拟全鞭毛虫在消化木材上可能有重要作用。鞭毛虫的物种组成和种群动态受季节、白蚁的地理位置和白蚁种群年龄的影响。此外，白蚁摄入的木材类型也影响其肠道鞭毛虫的组成。